Substitučná šifra nahradzuje každý znak otvoreného textu iným znakom šifrovaného textu. Aby príjemca získal otvorený text, musí na zašifrovaný text použit inverznú substitúciu. V klasickej kryptografii existujú štyri typy substitučných šifier:
Pri transpozičných šifrách sa znaky otvoreného textu nemenia, mení sa iba ich usporiadanie. Pri jednoduchej stlpcovej transpozicnej šifre sa otvorený text zapisuje horizontálne na štvorcekovaný papier a zašifrovaný text sa získava jeho vertikálnym čítaním. Pri dešifrovaní sa šifrovaný text zapíše vertikálne opät na štvorcekovaný list papiera rovnakej šírky a číta sa horizontálne.
Otvorený text: jednoduchastlpcovatranspozicnasifra
Šifrovaný text: jloepzdcinocovndaautscrihafanrssatp
Pretože znaky šifrovaného aj otvoreného textu sú rovnaké, bude sa frekvenčný výskyt jednotlivých znakov šifrovaného textu približne rovnat frekvenčnému výskytu znakov v príslušnom národnom jazyku. Navyše je tento systém náročný na pamät a niekedy aj obmedzuje dlžku správ. Sem patria napríklad: Cardanova mriežka, Richelieuova šifra.